Я думаю проблема есть и она в ссылках, и Яндекс прав, наложив санкции на сайт.
То что в ответах он приводит примеры естесственных ссылок, думаю тут просто нестыковка в работе людей из поддержки и алгоритмов. Люди, которые отвечают на ваши письма, вообще нифига могут не понимать в Минусинске, а приводят примеры первых попавшихся ссылок на ваш сайт, которые показываются их внутренним сервисом, который в свою очередь к Минусинску не имеет отношения.
Не понятно, как вы находите ссылки? Вы для начала спишитесь со всеми биржами и агрегаторами, сделайте выгрузку всех ссылок из Я.Вебмастера, из Google Console, Megaindex и Ahrefs. Соберите анкоры, проанализируйте доноров.
Ссылки анкорные присутствуют:
— на какой-то сетке сайтов (и все равно что они в ноиндексе): http://technoconnect.ru/01250385.htm или http://i-efektor.ru/01150078.htm

— вот это вообще Sape стоит кажется — http://www.beauty-fitness.ru/books/09_43.html, вот http://moreua.net/sevastopol/all/page-3.html тоже на биржевую ссылку походит

— и статьи (вы о них говорите) по-прежнему остаются http://in-game.org/stati/pillars-of-eternity-%E2%80%93-klassicheskaya-rolevaya-igra.html

И если учесть, что это я нашел за минут 5, а еще вы сами говорите что сняли много ссылок, то можно предложить, что по факту если плотно заняться поиском, найдутся еще основания для санкций. Ну как-то так — http://prntscr.com/ctdtcn