Счётная палата установила, что в 2015 году Минкомсвязи заключало контракты до утверждения планов, либо утверждало планы с нарушениями сроков, сообщил CNews. Без планов Минкомвязи заключило госконтрактов на 747 млн рублей, Роскомнадзор — на 510 млн, Роспечать — на 30,3 млн, Россвязь — на 25,2 млн. Аудиторы имеют претензии к госконрактам подведомственных органов Минкомсвязи в сумме на 1,3 млрд рублей. Органы в ведении Минкомсвязи получили Представления об устранении нарушений требований Правительства в сфере информатизации.
Ранее, в марте 2016 года Счетная палата направила генпрокурору Юрию Чайке результаты проверки в татарстанском (действующий министр связи РФ — из Татарстана) технопарке «Иннополис». В письме Татьяны Голиковой говорилось о «конфликте интересов» и «коррупционных рисках» в «Иннополисе».
Месяцем ранее, в апреле, глава Некоммерческого Партнерства «Руссофт» Валентин Макаров заподозрил экспертов Минкомсвязи (это 8 человек от государства, 2 учёных и 10 представителей отрасли) в личной заинтересованности при включении ПО в реестр отечественного софта. В самом конце мая глава Минкомсвязи Николай Никифоров сослался на своё министерство и Федеральную антимонопольную службу и объявил, что в ближайшее время будут отменены некоторые тендеры по закупке программного обеспечения для госорганов или госкомпаний. «Пострадают» госорганы, отказывавшиеся отдать приоритет программам, внесенным в реестр отечественного ПО, который ведет Минкомсвязи.