Строящийся Университет Иннополис выиграл конкурс Минкомсвязи "на создание центров прорывных исследований в области информационных технологий". Всего победителей 19 из более чем 130 претендентов. Итоговый протокол подписала рабочая группа в составе двух замминистров, одного представителя Яндекса, четырёх представителей победителей конкурса, и ещё нескольких специалистов. С участием ректора Иннополиса заявки Иннополиса и 18 других победителей прошли: "строгий отбор по таким критериям, как перспективность направлений исследований центра, наличие квалифицированных научных групп и ученых с мировым именем, для прикладных разработок — готовность к дальнейшей коммерциализации".
Яндекс, близкий к рынку коммерциализированных информационных технологий, сообщил редакции Roem.ru, что не вправе комментировать конкурс. Поэтому прикладную готовность Иннополиса придётся оценивать, разве что, "на глазок". В конце августа 2013 года на строительную площадку Иннополиса подведён газ. Первая очередь строительства Университета продлится до 2015 года, а окончательное завершение работ запланировано на 2027 год.
Перспективность направлений исследований Иннополиса и наличие учёных с мировым именем известны уже в 2013-ом. Первые 14 студентов Иннополиса в 2013/2014 учебном году начинают обучение на "Магистров информационных технологий" по специальности "управление разработкой программного обеспечения" в американском Carnegie Mellon University. По окончании учёбы новоиспечённые магистры приступят к педагогической и научно-исследовательской деятельности в Иннополисе.
Иннополис попал в список с такими научными центрами как, например: Санкт-Петербургским отделением Математического института им. Стеклова, МГУ, Санкт-Петербургским государственным университетом или МИФИ.